Ancienne frontière entre le Comté de Bourgogne et le Royaume de France, le village de Bourguignon lès Morey restera encore longtemps limite. Après la révolution il est ligne de séparation avec le département de la Haute Marne donc la Champagne- Ardennes.
Avec la mise en place des Pays, il est de nouveau « limite » entre le Pays Graylois et celui de Vesoul et également « frontière » entre les Communautés de communes des Hauts du Val de Saône, des 4 Rivières et du Pays-Vannier.
Implanté sur les flancs de la Montagne de la Roche, il vous surprendra cependant par ses rues pentues, ses ruelles transversales en herbe, l’homogénéité et la conservation de son bâti.
Mais aussi avec son passé tourné vers l’agriculture , depuis plus de 6000 ans comme peuvent en témoigner le site préhistorique néolithique et les nombreux « mûrgers » formant l’ancien parcellaire viticole.